Les règles de compensation ne sont pas les mêmes entre les deux années du master. En M1, les semestres S1 et S2 se compensent. En M2, les semestres S3 et S4 ne se compensent pas, notamment en raison du stage.
Pour les deux parcours fixés dans la carte, IA Sciences des Données et Santé et IA et Facteurs Humains, la compensation s'applique en silo. La partie informatique ne peut donc pas compenser la partie santé ou facteurs humains, et inversement.
Le redoublement en M1 est de droit une seule fois. Au-delà, il relève d'une décision du jury, qui demande généralement à l'étudiant d'expliquer les difficultés rencontrées et les dispositions envisagées pour réussir l'année redoublée. En M2, le redoublement n'est jamais de droit : dès le premier échec, il relève d'une décision du jury.